En cuanto a las.penas de la época que podía sufrir la persona se encontraban desde la confiscación de los bienes a la flagelación , el exilio, e incluso la pena de muerte
Se organiza la reacción Para evitar y combatir la herejía, la Iglesia encontró cuatro caminos:
1 ) La predicación y los tratados doctrinales que aparecen especialmente desde la segunda mitad del siglo XII.
2 ) Las Misiones y Controversias (discusiones públicas), que hasta la cruzada del 1208 estuvieron a cargo de los cistercienses. En este sentido y por gracia de Dios, en 1206 aparecería un gran santo fundador, santo Domingo de Guzmán, con su nueva Orden de los
Predicadores: enviado por el papa Inocencio II a reforzar la obra del Cister, hizo una tarea admirable predicando «verbo et exemplo» (» con la palabra y el ejemplo») y logrando con
sus sermones una depuración de sacerdotes y obispos débiles (o.cómplices) con la herejía. De su misma Orden saldría quien, poco después, sería martirizado por haber predicado en nombre del Papa contra los herejes: el inquisidor, San Pedro de Verona.
3 ) Como la predicación parecía estéril, el mismo Inocencio II lanzó entonces una «cruzada» apelando al rey de Francia Felipe Augusto, para que «el brazo secular corrigiese a aquellos que la disciplina eclesiástica no podía arrancar del mal», lo que llegó a extenderse de 1208 a 1226.
4 ) El Tribunal de la Inquisición, tanto episcopal como papal o monástica. Pero antes de la
decisión de Inocencio III (en 1184) se hacía necesario un balance, con el objeto de encontrar remedios para resolver el mal por el que se atravesaba.
Para ello se convocó una magna asamblea en Verona con obispos, príncipes y teólogos de todo el Imperio donde se decidieron medidas de mayor rigor, promulgándose la Decretal Ad
Abolendam; allí se determinaba que los obispos debían hacerse presente una o dos veces por año en las parroquias donde había herejes, tomando declaración bajo juramento de dos o tres personas idóneas a aquellos que acusaban a alguien del desvío de la Fe. Luego de la encuesta eran citadas las personas acusadas ante el tribunal, que sería exclusivamente eclesiástico. El imputado tenía siempre el derecho de defensa y la presunción de
inocencia.
En cuanto a las penas para simples herejes y sospechosos, iban.de la privación de oficios y beneficios, excomunión (incapacidad civil y política) a la pérdida de los feudos. En caso de reincidentes se entregarían a la potestad secular para que le aplicase la pena correspondiente (animadversione debita). Esta pena no era por entonces la pena de muerte sino el destierro y la confiscación de los bienes; todas las autoridades políticas, desde el rey a los condes y hasta los cónsules de las villas eran compelidas bajo un juramento especial a prestar a la Iglesia toda la colaboración material necesaria y ejecutar fielmente las prescripciones imperiales. Para esta época asumía el trono papal uno de los
hombres más notables de la historia de la Iglesia y a quien le tocaría vivir una de las épocas más gloriosas de la Cristiandad: Inocencio III
Abba Patter 