En 1517, Martín Lutero se separa de la Iglesia fraccionando el cuerpo místico de Cristo, y dando origen así al protestantismo. A partir de allí se da el surgimiento de multitud de denominaciones protestantes, y es así como hoy existen más de 40.000 sectas.

Sin embargo, hay que aclarar que existe un protestantismo histórico, con el cual la Iglesia sostiene un diálogo ecuménico: Luteranos, Calvinistas, Presbiterianos, Anglicanos, Anabaptistas