Cuando en 1524 llegaron a México los primeros misioneros, el pueblo indígena no conocía la escritura. Fue la evangelización a la par de la civilización, lo que logró incluso salvar las antiguas tradiciones autóctonas gracias a que se pudieron poner por escrito. En apenas siete años (1531) Vasco de Quiroga comunicaba al Consejo de Indias que ya habían indígenas «tan bien adoctrinados y enseñados, que muchos dellos, además de saber lo que a buenos cristianos conviene, saben leer y escribir en su lengua, y en la nuestra y en latín, y cantan llano y de órgano, saben apuntar libros dello harto bien, y otros predican; cosa cierta, mucho para ver y dar gracias a nuestro Señor».

Fue en esta primera etapa de la conquista donde sobresalieron grandes educadores para los autóctonos; hombres que dejaban su suelo natal para surcar los mares y trasplantar lo que habían recibido de occidente Hombres como fray Pedro de Gante quien, luego de llegar a tierras mexicanas en el año 1523 dedicó su enorme capacidad de acción a instruir a los naturales, organizando una Escuela de Artes y Oficios que llegó a contar con más de mil alumnos; de ella egresarian con el correr de los años, latinistas cantores, músicos, bordadores, canteros, imagineros, pintores, sastres, zapateros y hasta herreros. El misionero no solo fue el primer promotor de las lenguas locales al fomentar sus estudios, sino que también daba acceso a las lenguas superiores como el latin y hasta el griego. Era un modo de dotarlos de un instrumento poderosísimo que les permitiría acceder a la gran vida del espíritu y que, además, les daría un acceso a obras de primer nivel. El intento no parece haber sido ambicioso, pues según De Vizcarra, ya a mediados del siglo XVI había quienes hablaban tan buen latín como Cicerón.

La educación se programaba al igual que en Europa aunque con ligeras variaciones.El arzobispo de Santo Domingo y presidente interino de la Real Audiencia de México, Sebastián Ramírez de Fuenleal, organizó, por ejemplo, el primer colegio de América en Nueva España: San Juan de Tlatelolco, inaugurado el 6 de enero de 1536. El plan de estudios fue preparado de acuerdo a las normas renacentistas en el famoso trivium que integraba las materias de gramática, dialéctica y retórica; y el quadrivium o Curso de Artes, con aritmética, geometría, astronomía y música. Además para aquellos indios que demostraban indicios de la vocación al sacerdocio, se agregaron cursos de Sagradas Escrituras y ciertos principios de teología. Fray Jeronimo de Mendieta dice que en oportunidad de registrarse la urgencia de servicios médicos en ciertos pueblos indios, se añadieron hasta cursos de medicina. La experiencia de este Colegio hizo que a fines de siglo se hubieran extendido, desde México a Chile, numerosos institutos similares, que se encontraban en Teptzotlán, Puebla, Guadalajara, Santa Fe del Bogotá, San Luis de La Paz, Quito, Lima, Charcas, Santiago de Chile… etc. Y el indio aprendía tan rápido que hasta llegaba a ser maestro de los españoles, como narra García Icazbalceta acerca del Colegio de Santa Cruz: «(el colegio había engendrado) alumnos aventajadísimos que no solo llegaron a ocupar cátedras en el colegio, sino que sirvieron también para enseñar a religiosos jóvenes, supliendo la falta que había de lectores, por hallarse los religiosos ancianos ocupados en el cuidado espiritual de los indios. Y como estos no recibían entonces el hábito, dedúcese que los oyentes eran forzosamente españoles o criollos, y que la raza indígena daba maestros a la conquistadora sin despertar celos en ella. Hechos históricos dignos de meditación». No contentos con ello, España apuntó también a formar una clase dirigente indígena que gobernara a los demás indios, como se lee en un informe del visitador de la Compañía de Jesús, el padre Avellaneda, al rey: «El intento que en esto se tiene es criar a estos indios hijos de caciques y principales con toda institucion de policía y cristiandad: porque siendo ellos los que después han de gobernar y regir sus pueblos, será mucha importancia su ejemplo y enseñanza para el bien de todos los demás, como ya se experimenta ese fruto»

VICENTE SIERRA, op. cit., 152-153

ZACARIAS DE VIZCARRA, op.cit, 46

*Son infinitos lo ejemplos de indios egresados de los Colegios que se destacaron por sus obras. Nombremos algunos: el indio Pedro Juan Antonio se destacó por su versación en los autores clásicos, en 1568 pasó a España y cursó derecho civil y canónico en Salamanca, publicando seis años más tarde una gramática latina con el título de Arte de la lengua latina. Antonio Alejos, que entró en la orden seráfica, dejó un tomo de sermones titulado Homilías sobre los Evangelios de todo el año, así como un catecismo en lengua pima. En 1552, el indio Martín de la Cruz, terminó una obra sobre hierbas medicinales empleadas por sus connacionales, cuyo texto trasladó al latín el indio Juan Badiano. Ambos habían sido alumnos del Colegio Santa Cruz